Keopx

Para configurar en todas configuraciones podemos editarlo en este fichero /etc/profile.

Para todos los usuarios editamos:

sudo nano /etc/bash.bashrc

Para definir JAVA_HOME añadimos las siguientes lineas:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-sun-1.5.0.08

O para no depender de versiones:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-sun/

Y solo para nuestro usuario editamos:

sudo nano /home/keopx/.bashrc

Existe otra opcion editamos los mismo fichero pero poniendo lo siguiente:

export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.6.0_01
export JAVA_JRE=/usr/java/jdk1.6.0_01
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:.:/usr/java/jdk1.6.0_01/bin

Referencias:
http://www.laliluna.de/blog/2007/02/22/ubuntu_environment_variable_java_home.html

http://openmrs.org/wiki/Installing_An_OpenMRS_Server_On_Linux